日本の高等学校は中学校（義務教育学校を含む）における教育の基礎の上に、心身の発達に応じて、高度な普通教育および専門教育を施すことを目的とする。
義務教育の対象から外れるため、進学するかどうかの選択は自由であるが、中学卒業からの就職は就労可能な職種が極めて限定的で仕事の幅が狭く、労働基準法により15歳から18歳の労働者は年少者として扱われるため労働に際して制約が多く、資格や免許の取得にも制約が多いなど、1970年代後半（昭和50年以降）からは中卒者の新卒採用に消極的になった企業が増加したことから今日では中卒での就職はあまり一般的ではないこともあり、低学力・不登校・非行・経済的理由・障害などの特殊な事情で進学が困難な場合を除いてほとんどの中学卒業生が高校へ進学している。経済的な理由があっても、高等学校実質無償化および奨学金などの援助があることから、働きながら高等学校の定時制または通信制に進学するのが一般的である。障害がある生徒も特別支援学校の高等部（高等特別支援学校を含む）に進学するのがほとんどである。
1998年（平成10年）の学校教育法（昭和22年法律第26号）の改正により、中高一貫教育（中学校における教育〔義務教育として行われる普通教育〕と高等学校における教育〔高度な普通教育および専門教育〕を一貫して施すこと）を行う6年制の学校である「中等教育学校 (secondary school)」が新たに創設された。中高一貫教育を行う中学校・高等学校の一部は中等教育学校の前期課程・後期課程への改組がされ始めており、国立学校、公立学校、私立学校の全部で、中等教育学校が増えつつある。私立の多くは実質的に中高一貫教育を行い、高校からの入学者を受け入れないが、法律上は中学校と高等学校に分かれたままの態勢になっている。
修業年限（卒業までに教育を受ける期間）が3年又は3年以上の高等学校の一般的な課程を本科といい、この項目では主に本科について扱う。これ以外にも別科と専攻科があるが、専攻科については専攻科の項目で詳述している。ただし、通常は本科という言葉を使うことはない。
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